Αρχαιολογικό Μουσείο, με α) εκθέματα της προϊστορικής Χίου από την Τελική Νεολιθική Εποχή ως την μυκηναϊκή περίοδο β) δείγματα κοροπλαστικής και γλυπτά (αγάλματα, πορτραίτα, ανάγλυφα) από τον 8ο αι. π.χ ως και τη ρωμαϊκή περίοδο και γ) επιτύμβιες στήλες και επιγραφές δ) δείγματα κεραμικής και μεταλλοτεχνίας από την αρχαϊκή ως και τη ρωμαϊκή περίοδο.
Βυζαντινό Μουσείο Χίου (Μετζητιέ Τζαμί). Η μόνιμη έκθεση του Βυζαντινού Μουσείου Χίου φιλοξενείται στο οθωμανικό τέμενος Μετζητιέ Τζαμί, των μέσων του 19ου αιώνα. Σκοπός της έκθεσης είναι να δώσει στους επισκέπτες μέσα από τα εκθέματα και το εποπτικό υλικό την εικόνα της ιστορικής και πολιτιστικής πορείας της Χίου από την παλαιοχριστιανική περίοδο έως και τα νεώτερα χρόνια και να αναδείξει την όσμωση των διαφόρων πολιτισμικών ομάδων που συμβίωσαν κατά καιρούς στο νησί.
Ναυτικό Μουσείο. Το Μουσείο στεγάζεται στο κέντρο της πόλεως, στο παραδοσιακό αρχοντικό του ζεύγους Αναστασίου και Μαρουκώς Πατέρα, που δωρήθηκε για το σκοπό αυτό από τους κληρονόμους τους το 1991. Πρωταρχικός στόχος του μουσείου είναι να επεξηγήσει αυτή τη σημαντική κοινωνική πλευρά του νησιού συλλέγοντας και ταξινομώντας ιστορικές πληροφορίες που σχετίζονται με τη ναυτιλιακή παράδοση της περιοχής. Το μουσείο επίσης φιλοξενεί μια σειρά από διαλέξεις και συνέδρια με θέμα τη Χίο και τη ναυτιλία σε συνεργασία με άλλα μουσεία του ελληνικού Αρχιπελάγους.
Λαογραφικό Μουσείο Γυμνασίου Καλλιμασιάς Εκθέτονται αντικείμενα και εργαλεία περισσοτέρων από τριάντα επαγγελματιών και δραστηριοτήτων των κατοίκων του νησιού. Τα εκθέματα στο μουσείο (δωρεές από όλα τα μέρη της Χίου) είναι πάνω από πέντε χιλιάδες, και περιλαμβάνει μια από τις πλουσιότερες συλλογές αντικειμένων ανάμεσα στα υπόλοιπα μουσεία της Ελλάδας. Θεωρείται από τα καλύτερα λαογραφικά μουσεία της Ελλάδας.
Μουσείο Νέας Μονής Χίου, με πολύτιμα κειμήλια όπως μεταβυζαντινές εικόνες, έργα αργυροχοΐας, εκκλησιαστικά και λαϊκά κεντήματα καθώς και έργα υφαντικής. Το σημαντικότερο έκθεμα του Μουσείου είναι το "Πεύκι", παραπέτασμα μεταξωτό με αργυροχρυσοΰφαντα διακοσμητικά μοτίβα.